遺伝子における生物種固有の微小な塩基配列の違いに基づいて生物種を識別する「DNA バーコード法」に着目し、飛躍的な塩基配列解読能をもつ次世代シークエンサーを導入した手法を確立し、異なる環境土壌に生息する線虫集団の分析に応用しました。

【研究成果】

1. 真核生物が共通に持つ18SリボソームRNA遺伝子に４つのDNAバーコード領域を設定しました。
2. 分析対象には、非耕作畑、雑木林、ズッキーニ栽培中の家庭菜園から分離した土壌線虫集団を用い、各線虫集団のDNA から、PCR で４つの遺伝子断片を増幅し、それらの塩基配列を解読、分析しました。(図1)

《分類・分析結果》

1. 雑木林土壌では、植物寄生性線虫が、一方、家庭菜園土壌では、細菌食性線虫が多く生息していることを明らかにしました。(図2)
2. 非耕作畑には、細菌食性線虫のほか、動物捕食性や雑食性の線虫が多く存在することが判りました。
3. 本手法による線虫組成の分析により、土壌環境を評価し、農業とも深く関連する土壌線虫集団を詳細に分析することが可能になりました。